2020年4月6日，國際權(quán)威學(xué)術(shù)期刊Cell在線發(fā)表了中國科學(xué)院分子細胞科學(xué)卓越創(chuàng)新中心（生物化學(xué)與細胞生物學(xué)研究所）陳玲玲研究組與中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所楊力研究組合作的題為“Distinct Processing of lncRNAs Contributes to Non-conserved Functions in Stem Cells”的研究論文。
在這項研究中，科研人員基于細胞核和細胞質(zhì)分離的人、鼠胚胎干細胞來源的高通量測序數(shù)據(jù)，針對序列及基因組位置保守的一類長非編碼RNA進行了加工及亞細胞定位分析，發(fā)現(xiàn)人胚胎干細胞中長非編碼RNA更多地定位于細胞質(zhì)，而小鼠胚胎干細胞中長非編碼RNA則更多地滯留于細胞核。實驗上進一步證明了人、鼠不同亞細胞定位的長非編碼RNA具有不同功能并詳細解析了其中一個新型的長非編碼RNA——hFAST維持人胚胎干細胞自我更新的分子機制。為了進一步探究長非編碼RNA在不同物種間加工定位差異的分子機制，研究人員結(jié)合生物信息學(xué)分析預(yù)測和實驗驗證篩選到了調(diào)控它們不同定位的關(guān)鍵因子PPIE。分析發(fā)現(xiàn)在鼠、猴、人胚胎干細胞中PPIE表達成下降趨勢，而長非編碼RNA加工水平則成上升趨勢，且長非編碼RNA在人胚胎干細胞中更加傾向定位在細胞質(zhì)中。深入實驗分析進一步證明了PPIE蛋白對長非編碼RNA（包括FAST）的剪接加工及亞細胞定位的調(diào)控作用。上述研究首次揭示了非保守的RNA加工和定位對長非編碼RNA功能發(fā)揮的重要作用，從而提示長非編碼RNA的姿態(tài)萬千可能是物種特異性的調(diào)控和適應(yīng)的一個重要機理，為物種差異長非編碼RNA的研究提供了新基礎(chǔ)和新思路。
楊力研究組博士研究生馬旭凱完成了該研究工作中所有的計算生物學(xué)分析，并與陳玲玲研究組博士研究生郭純潔并列為該論文的共同第一作者，陳玲玲研究員為該論文的通訊作者，楊力研究員參與了計算生物學(xué)分析部分的指導(dǎo)。
原文鏈接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30268-3
圖示：長非編碼RNA非保守的加工和定位決定其物種差異的調(diào)控功能
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